Это действительно ошибка, но ошибка не БД, а ошибка Гугла. Исправить которую средствами данного проекта нельзя.
Дело в том, что привязка объектов БД к территориально-географическому расположению выполняется через сервис Гугла. Что он выдал - туда и привязалось. Иногда совсем нет привязки, иногда привязка бывает ошибочной (в июле Гугл упорно считал, что Москва находится в Курганской области).
В вашем случае при выборе уездов надо просто указать оба уезда. Вы получите один файл, в котором будут и те, и другие точки. Это будет нормальный файл.